Gmina Chełmno stanowi część historycznej Ziemi Chełmińskiej, położonej między Wisłą, Drwęcą i Osą, otaczając z trzech stron miasto Chełmno, stanowiące odrębną jednostkę administracyjną. Zajmuje 114,05 km2 powierzchni. Jest to teren położony na skraju wysoczyzny morenowej, oddzielonej od Wisły terasą zalewową, najlepiej rozwiniętą w okolicy Górnych Wymiar ( ok. 22 m n.p.m.). Na terenie terasy utworzyły się starorzecza - jeziora nadrzeczne, zachowane w najgłębszych miejscach dawnych koryt wiślanych. Ponieważ terasa zbudowana jest głównie z namułów, na których rozwinęły się urodzajne gleby madowe, teren ten po usypaniu wałów przeciwpowodziowych, stał się urodzajnymi łąkami i polami uprawnymi. Terasa pocięta jest gęstą siecią rowów melioracyjnych, odprowadzających nadmiar wody. Przeobrażenia szaty roślinnej przez człowieka, doprowadziły do tego, że 68,6 % powierzchni gminy zajmują obecnie użytki rolne, a lasy stanowią 11,9 % i zajmują najmniej urodzajne i najmniej dostępne tereny. Zachowały się jednakże skrawki pierwotnej roślinności, objętej ochroną w rezerwatach:

Ponadto na terenie gminy występują inne rzadkie rośliny i pomniki przyrody.